绩溪博物馆的建筑设计，由中国国家体育场（2008年北京奥运会主会场——“鸟巢”）的中方设计主持人、知名建筑设计大师李兴钢负责。其“折顶拟山，留树作庭”的设计理念，继承了中国传统园林建筑的精髓，体现了郭因绿色文化和绿色美学思想，巧妙暗合了馆藏胡适对联中“随遇而安因树为屋，会心不远开门见山”的理念，倍受国际国内建筑学界的推崇。

绩溪博物馆馆标主体部分由两条起伏延伸的平行线条构成，设计灵感来源于绩溪博物馆前院的建筑屋顶结构。直观上，象征着绩溪博物馆的建筑特色和“折顶拟山，留树作庭”的设计理念。宏观上，两条起伏延伸的平行线条，既代表着绩溪大地上巍峨耸立的群岭万山，又象征着奔腾流淌在村前村后的“堂堂溪水”，是“县北有乳溪，与徽溪相去一里并流，离而复合，有如绩焉”这一绩溪县名由来的生动诠释，更蕴含着中华优秀传统文化中“和而不同”、“并行而不悖”的和谐思想和当代宣城干部“刚柔相济、百折无损”的精神追求。

绩溪博物馆馆标附属部分为徽派瓦片拼组而成的漏窗，既增加了徽派建筑的元素和色彩，也代表了绩溪博物馆在绩溪县对外开放和形象宣传中的重要窗口地位。